La Agapia se găsesc două bisericuţe de lemn importante atât pentru arhitectura populară în lemn a veacului în care au fost ridicate, cât şi pentru viaţa spirituală a locului şi care fac parte din lista obiectivelor de patrimoniu naţional. Una din ele poartă hramul „Sfântul Ioan Bogoslov” şi este considerată cea dintâi biserică de la Agapia. A fost ridicată pentru prima oară, se pare, în secolul XVII, de către călugării de la Agapia Veche, primind hramul „Sf. Ioan Evanghelistul“. În anul 1821 a fost incendiată de turcii ce veniseră în urmărirea eteriştilor, refugiaţi în zona Neamţului. Atunci a fost distrusă în totalitate, dar a fost refăcută destul de repede. A fost reconstruită pe acelaşi amplasament, după acelaşi plan şi a avut parte de mai multe restaurări de-a lungul timpului. Lăcaşul este construit din grinzi masive de stejar, aşezate pe o temelie de piatră de râu şi este acoperit cu draniţă de brad. În secolul XIX bârnele au fost acoperite atât la interior, cât şi la exterior cu scândură vopsită, pentru o mai bună protecţie, aşa cum se obişnuia în acea vreme. Iniţial, biserica a avut doar altar, naos şi pronaos, pridvorul fiind adăugat ulterior. Biserica are formă de corabie şi este realizată de meşteri locali, în cel mai autentic stil moldovenesc, fără turlă. Clopotniţa este construită alături. La exterior se remarcă consolele ce sprijină acoperişul, lucrate cu migală şi atenţie. Prima restaurare a bisericii a fost făcută, aşa cum consemnează documentele mănăstirii, la 1883, de către maica stareţă Elisabeta Cerchez, din grija căreia s-a construit şi o gropniţă la subsol. Astăzi, în această gropniţă se păstrează obiectele necesare îngropării morţilor. De asemenea, bisericuţa a mai fost restaurată în 1977, în vremea stareţei Eustochia Ciucanu. În jurul micii bisericuţe s-a format şi cimitirul în care sunt îngropate măicuţele ce pleacă în lumea veşniciei. Însă, aici îşi dorm somnul de veci şi primii călugări, cei veniţi de la Agapia Veche, moşii şi strămoşii familiilor care locuiesc în jurul mănăstirii, precum şi o seamă de personalităţi: prinţul Grigore M. Sturdza, mitropolitul Moldovei Irineu Mihălcescu, Margareta I. D. Ştefănescu, fiica lui Alexandru Vlahuţă. În bisericuţa de la cimitir au existat, dintotdeauna, două catapetesme. Una mai veche, de secol XVIII, şi una realizată la 1821, ambele fiind astăzi în atelierul de restaurare, din cauza degradării. În interior biserica a fost pictată, se pare, la 1821. La restaurarea din 1977 a fost însă repictată de părintele Vartolomeu Florea, de la Mănăstirea Sihăstria, şi această pictură este destul de degradată. Din inventarul bisericii fac parte cărţi vechi de cult, aflate acum în depozitul de carte al mănăstirii, câteva icoane pictate de Nicolae Grigorescu, precum şi câteva candele deosebit de frumoase, lucrate în filigran, în stil armenesc, păstrate cu grijă în muzeul de la Agapia.
