Mănăstirea Neamţ deţine cel mai mare osuar din ţară, aici fiind adăpostite rămăşiţele pământeşti a cel puţin 550 de monahi. Gropniţe sau osuare mai au şi alte mănăstiri din ţară, însă nu de aceeaşi mărime. Gropniţele erau întâlnite de obicei la ctitoriile domneşti, unde erau înmormântaţi ctitorii. Gropniţe sau osuare sunt şi la Putna, ctitorie a Sfântului Voievod Ştefan cel Mare, Probota, ctitorie a lui Petru Rareş, sau Slatina, ctitorie a lui Alexandru Lăpuşneanu. Gropniţa de la Neamţ este aşezată sub Biserica „Sfântul Ioan Evanghelistul“ (sau Bogoslovul) din cimitirul mănăstirii, câţiva metri mai în vale de zidurile înconjurătoare ale lăcaşului monastic. Aici, într-un subsol dreptunghiular, cu boltă pe toată lungimea bisericii, în nişte orificii semiovale săpate în perete erau aşezate rămăşiţele celor ce s-au nevoit în sfântul lăcaş de cult, într-o atmosferă tainică creată de lumina discretă ce pătrunde prin cele opt ferestre mici şi de candelele ce ard pe masa din mijlocul încăperii.

Dezgropămintea este o tradiţie veche, ce datează din primele veacuri creştine. Tradiţia era că monahul, la şapte ani după ce era înmormântat, se dezhuma, iar osemintele se aşezau într-o criptă, sau gropniţă. Atunci când un călugăr murea, se făcea slujba de înmormântare, iar alături de el se punea o cărămidă pe care era trecut numele, data când s-a născut şi când a murit, precum şi ascultarea pe care a avut-o. După şapte ani, osemintele erau dezgropate, se făceau slujbele de pomenire şi de dezlegare a păcatelor, citite de duhovnici, apoi osemintele erau curăţate şi aşezate în criptă, de obicei craniul într-o parte, iar restul osemintelor în altă parte. Practica dezhumării a fost păstrată însă doar până în anul 1945, când regimul comunist a interzis ca mormintele să mai fie deschise, iar osemintele să fie aşezate în criptă, motivul acestei dispoziţii fiind răspândirea eventualelor boli de care au suferit cei adormiţi. Cel mai vechi craniu care există în gropniţa mănăstirii este din secolul al XVII-lea. Între craniile expuse în osuar se află şi cel al tinerei Calipso – „cu şalul negru“, amintită în versurile lui Puşkin şi descrisă de C. Negruzzi. Tot în aceeaşi gropniţă se află şi piatra de mormânt a mitropolitului Visarion Puiu, trecut la Domnul în 1964.

Mănăstirea Neamţ este o adevărată necropolă în totalitatea ei, rămăşiţe pământeşti ale monahilor, stareţilor, ierarhilor sau sfetnicilor voievodali găsindu-se şi în biserica mare din incinta mănăstirii. Atât slujitori ai Bisericii, cât şi importante persoane din laicatul ortodox ce au avut o contribuţie importantă în viaţa Bisericii au fost aşezate cu mare cinste spre veşnica odihnă în interiorul mănăstirii. Astfel, în pridvor se găseşte lespedea funerară a Mitropolitului Teoctist al II-lea, care a sfinţit biserica în anul 1497, şi lespedea lui Micotă, pârcălab de Neamţ, care a murit în anul 1495. Tot în această încăpere se află mormântul mitropolitului Calinic Miclescu, precum şi osemintele mitropolitului Sofronie Miclescu şi ale unor episcopi şi stareţi. În pronaos se află mormântul episcopului Pavel al Romanului (1632) şi ale unor schimonahi, iar în încăperea mormintelor, mormântul lui Ştefan Voievod, fiul lui Alexandru cel Bun (1447), şi al vestitului stareţ Paisie Velicicovschi (1794), recunoscut pentru suflul nou pe care l-a adus monahismului românesc.