„În zilele cuviosului şi iubitorului de Hristos, domnului Io Ştefan Voievod, cu mila lui Dumnezeu domnitorul ţării Moldovei, fiul lui Bogdan Voievod, la anul 6984 (1476), iar al domniei noastre al 20-lea curgător, sculatu-s-a puternicul Mahomed, împăratul turcesc, cu toate ale lui răsăritene puteri; încă şi Basarab Voievod, cel numit Laiota, venit-a cu toată ţara lui basarabească. Şi au venit să jefuiască şi să prade Moldova; şi au ajuns până aici la locul numit Pârâul Alb. Şi noi, Ştefan Voievod, cu fiul nostru Alexandru, am ieşit înaintea lor şi am făcut cu dânşii mare război, în luna iulie în 26 de zile; şi cu voia lui Dumnezeu, biruiţi fură creştinii de către păgâni. Şi căzură acolo mare mulţime de ostaşi moldoveni. Tot atuncea au lovit şi tătarii Moldova din acea latură. Pentru aceea binevoita Io Ştefan Voievod a zidi acest hram întru numele Arhistrategului Mihail, întru ruga sa şi a doamnei sale Maria şi a fiilor săi Alexandru şi Bogdan, şi întru pomenirea şi amintirea tuturor dreptcredincioşilor creştini care s-au prăpădit aici. În anul 7004 (1496), iar al Domniei sale anul 40 curgător, în luna noiembrie 8”. Sunt cuvintele lăsate de Domnul Ştefan în pisania care se află pe peretele de sud al bisericii, în partea dreaptă a uşii ce dă în pronaos, despre acele zile cumplite şi despre sufletul său, neostoit nici după 20 de ani, de după pierderea oştenilor Măriei Sale.
Biserica de la Războieni a fost ridicată de marele voievod, ca un mausoleu, izvorât din zbuciumul unei dureroase suferinţe, căci bătălia de la Valea Albă-Războieni a fost pierdută de domnul Moldovei. „Ai noştri au pierit, încât s-a înălbit poiana de trupurile lor… şi mulţi din boierii cei mari au picat şi vitejii cei buni au pierit şi fu jale mare în toată ţara”, spune cronicarul Grigore Ureche, care adaugă: „După ieşirea neprietenilor şi vrăjmaşilor din ţară, dacă au strâns Ştefan Vodă trupurile morţilor, movilă din cei morţi au făcut şi pe urmă şi-au zidit deasupra oaselor o biserică unde trăieşte şi astăzi întru pomenirea sufletelor. „Nu se cunoaşte exact cât a durat ridicarea acestui Altar, dar, după cum spun istoricii, lucrarea este probabil să fi fost începută la 26 iulie 1496, data comemorării marii lupte de la Pârâul Alb, şi să se fi încheiat la 8 noiembrie, acelaşi an, când biserica a fost sfinţită şi a primit hramul Sfinţilor Arhangheli Mihail şi Gavriil. Mănăstirea are o lungă şi zbuciumată istorie, aşezământul fiind desfiinţat în 1959, iar maicile cele bătrâne, gonite la Agapia, Văratec şi Slatina, iar cele tinere, în lume. Pe loc au rămas totuşi patru dintre ele, părăsind numai de formă veşmântul monahal ca să poată ţine peste timp veşnic aprinsă candela pomenirii martirilor sfântului în biserica voievodală transformată în lăcaş de parohie. În 1973, biserica a fost restaurată. Săpăturile arheologice făcute cu acel prilej au dus la descoperirea unor gropi în care se aflau osemintele oştenilor căzuţi, înhumate fără o ordine anume. Nedescoperindu-se craniile celor morţi, se presupune că ele au fost depuse sub Altar, unde nu s-au făcut săpături.
După 31 de ani de pustiire, Dumnezeu a vrut să dea din nou semn de lumină sfântului lăcaş. De aceea, în 1990, mănăstirea a fost redeschisă prin aducerea de la Văratec a unui grup de maici şi surori. Acestea, alături de cele patru călugăriţe care nu s-au depărtat de biserica-necropolă în toată perioada de restrişte, au reînnodat firul trăirii monahale în acest loc. În prezent, mănăstirea are o obşte de 26 de monahii şi surori, care se îndeletnicesc, în principal, cu slujbele, restul timpului fiind destinat ascultărilor. În mănăstire funcţionează ateliere de croitorie, sculptură, litografiere icoane, ţesut covoare şi tâmplărie.
